在企业的日常运营中，记账凭证是记录财务数据的重要依据。一旦这些凭证丢失，不仅会影响企业的正常财务管理，还可能带来税务和审计上的风险。因此，当公司发现记账凭证丢失时，需要迅速采取行动，妥善处理这一问题。

首先，企业应当冷静分析丢失的具体情况。如果只是部分凭证丢失，可以尝试从其他相关材料中进行补救。例如，可以通过银行流水单、发票复印件等资料重新整理出相关的财务信息。此外，企业内部的电子账务系统也可能保存有相关数据，可以从中提取缺失的信息。

其次，及时与相关部门沟通协调。如果是由于员工疏忽导致的凭证丢失，应及时提醒员工注意工作细节，并制定更加完善的管理制度。同时，向财务部门汇报情况，寻求专业人员的帮助，以确保后续工作的顺利开展。

再次，如果丢失的凭证涉及重要交易或金额较大，建议尽快联系税务机关说明情况。通常情况下，税务机关会根据实际情况给予一定的宽限期，允许企业在规定时间内补齐相关材料。在此期间，企业应积极配合税务机关的工作，提供尽可能多的支持性文件。

最后，为了避免类似事件再次发生，企业应当加强内部控制，建立健全的档案管理体系。比如，定期对财务资料进行备份，采用双重存储方式保存重要文件；加强对员工的职业道德教育，提高其责任感和风险意识。

总之，面对记账凭证丢失的问题，企业需要迅速反应、积极应对，并通过有效的措施加以弥补。只有这样，才能最大限度地减少损失，保障企业的健康发展。